Sekvensering av koronavirus gir presis smittesporing

Forskere på Ahus og OsloMet har både bekreftet og avkreftet mistenkte utbrudd ved hjelp av helgenomsekvensering. Den avanserte metoden gir en mer treffsikker smittesporing, viser forskerne i en nylig publisert forskningsartikkel.

helgenomsekvensering av koronavirus_1

Artikkelen er publisert i Journal of Hospital Infection.

Helgenomsekvensering er en metode som gir full kartlegging av arvematerialet i en organisme. Metoden har vært brukt i analyser av koronaviruset for å avdekke hvilke virusvarianter som er påvist.

Ved Ahus har forskere brukt metoden kombinert med kartlegging av nærkontakter for å undersøke mistenkte utbrudd ved sykehuset. Denne kombinasjonen gjør smitteoppsporingen mer treffsikker og kan brukes til å forstå smitteveier og hindre videre spredning:

Hege Vangstein Aamot

Forsker og bioingeniør Hege Vangstein Aamot ved Akershus universitetssykehus.

- Av fem mistenkte utbrudd blant ansatte på Ahus, ble to utbrudd bekreftet og ett avkreftet. I tillegg påviste vi et mulig nytt utbrudd som ikke var blitt oppdaget med tradisjonell smittesporing, forteller forsker og bioingeniør Hege Vangstein Aamot.

Implementert ved Ahus

Studien har også vist at nye mutasjoner kan oppstå mellom smittetilfeller og kan fortelle oss noe om hvor fort viruset muterer. Hele verden følger nå med på nye virusvarianter som fryktes å smitte lettere, skape mer alvorlig sykdom og ikke stoppes av vaksinene. Derfor har sekvenseringsmetoden blitt brukt i forskning i forbindelse med flere forskningsprosjekter om Covid-19 på sykehuset fra mai 2020 og videre innført i rutinen ved Ahus fra februar 2021. Virus fra ansatte, inneliggende og polikliniske pasienter på Ahus samt et utvalg av pasienter i primærhelsetjenesten i opptaksområdet blir sekvensert.

- Innføringen av SARS-CoV-2 helgenomsekvensering ble gjort gjennom vårt veletablerte og gode samarbeid med OsloMet, spesielt takket være doktorgradsstipendiat Alexander Hesselberg Løvestad og førsteamanuensis Ole Herman Ambur, forteller Vangstein Aamot.

Sekvensering

Sekvensering av koronavirus.

Les artikkelen her: https://doi.org/10.1016/j.jhin.2021.02.022