For å sikre at laserbehandlingen forløper smertefritt, setter legen bedøvelse umiddelbart før behandlingen. Det gjøres ved å sprøyte et lokalbedøvende middel i hudområdet som skal behandles. Sprøyten med lokalbedøvelse kan gi ganske sterk svie når den settes, selv etter forbehandling med Emla, men svien går fort over. Bedøvelsen forsvinner etter en til to timer.
Ved kondylomer i urinrørsåpningen påfører legen bedøvelseskrem i form av Emla krem i urinrørsåpningen med en sprøyte uten kanyle før inngrepet, og Emla skal da ikke benyttes før ankomst.
Under behandlingen avgir laserstrålen energi meget presist på hud eller slimhinner. Vortene fjernes således mekanisk og det etterlates en sårflate. Blodkarene vil lukkes i det behandlede område, og derfor blir det kun ubetydelig blødning etter inngrepet.
Konsultasjonen kan vare 20-30 minutter, av og til lenger, avhengig av antall og utbredelse av kondylomene.